Aunque hay cierta controversia, se considera la primera universidad fundada en América la Real y Pontificia Universidad de San Marcos, Lima, por Real Provisión del 12 de mayo de 1551, ratificada por bula del 25 de julio de 1571. En total se fundaron 27 universidades, la última -Universidad de Guadalajara, México- en 1792. A esto hay que sumar 16 colegios mayores (sin contar el de Granada, en España, para los nobles de América) que a veces hacían el papel de universidades.
En el imperio británico, las universidades de Madrás, Calcuta y Bombay (en Mumbai) datan de 1857; Sídney, de 1850; la Universidad de New Brunswick, en Canadá, es de 1785; en EE UU, The College of William and Mary fue el primer «college» en constituirse en Universidad (1779). Harvard fue fundada con anterioridad por los ingleses, 1636, pero como institución de enseñanza superior, no como universidad ¿Qué decir del imperio alemán en África y holandés en Oceanía? Y la muy culta Bélgica (que tanto admiran los federastas fracasados) no abrió ni una sola universidad en el Congo.
Se fundaron 27 universidades a lo largo de las tres Américas, en el lapso de casi tres siglos. Estaban distribuidas del modo siguiente: cinco en el Perú; cuatro en Chile; tres en México y en el Ecuador; dos en la República Dominicana, en Colombia y en Venezuela; una en la Argentina, en Bolivia, en Guatemala, en Cuba y en Nicaragua; además de una en Bolivia que no llegó a instalarse jamás.
| Número | Denominación | Fundación | Cierre | Ciudad | País actual | Observaciones |
| 1 | Real y Pontificia Universidad de San Marcos | 1551 | Lima | Perú | 1548 se crea un Estudio general 1551 se funda oficialmente como Real Universidad de la Ciudad de los Reyes, en Lima, por cédula real 1574 se renombra como Real y Pontificia Universidad de San Marcos. 1946 se oficializa su nombre como: Universidad Nacional Mayor de San Marcos. |
|
| 2 | Real y Pontificia Universidad de México | 1551 | 1865 | México | México | 1551 se funda oficialmente por cédula real como Real Universidad de México. 1595 se renombra como «Real y Pontificia» por bula papal. 1833 primera clausura. Reabierta varias veces hasta la última clausura en 1865. 1910 se refunda laica como: Universidad Nacional Autónoma de México, 1982 se refunda otra católica como: Universidad Pontificia de México. |
| 3 | Real Universidad de La Plata | 1552 | 1552 | Sucre | Bolivia | No llegó a instalarse. |
| 4 | Real y Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino | 1558/1538 | 1823 | Santo Domingo | República Dominicana | 1518 se crea un Estudio general. 1538 se crea por bula de Paulo III 1558 se crea oficialmente por Sanción General de la corona española. 1758 se prohíbe por real cédula su autodenominación como primera universidad 1823 se cierra la universidad. 1914 se funda una nueva institución heredera: la Universidad Autónoma de Santo Domingo |
| 5 | Real y Pontificia Universidad de Santiago de la Paz y de Gorjón | 1558 | 1767 | Santo Domingo | República Dominicana | |
| 6 | Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino | 1580 | 1861 | Bogotá | Colombia | 1966 se funda la Universidad Santo Tomás. |
| 7 | Universidad de San Fulgencio | 1603 | 1786 | Quito | Ecuador | Se fusionó con las otras universidades ecuatorianas, formando en 1786 la Real Universidad Pública Santo Tomás de Quito. |
| 8 | Pontificia Universidad de San Ildefonso | 1608 | ¿? | Lima | Perú | Fue extinguida. |
| 9 | Universidad de Córdoba | 1621 | Córdoba | Argentina | Actual Universidad Nacional de Córdoba. | |
| 10 | Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino | 1622 | 1747 | Santiago de Chile | Chile | Fue extinguida a mediados del siglo xviii ante la creación de la Real Universidad de San Felipe. |
| 11 | Real y Pontificia Universidad de Mérida | 1624 | 1767 | Yucatán | México | 1624 se funda bajo la Compañía de Jesús. Se clausura en 1767. 1922 se refunda como la Universidad Autónoma de Yucatán. |
| 12 | Pontificia Universidad de San Ignacio de Loyola | 1621 | 1767 | Cuzco | Perú | |
| 13 | Universidad Pontificia Colegio Máximo de San Miguel. | 1625 | 1767 | Santiago de Chile | Chile | Fue extinguida. |
| 14 | Pontificia de San Francisco Javier | 1621 | 1767 | Bogotá | Colombia | Fue suspendida en 1767. Posteriormente en 1930 se restablece con el nombre de la actual Pontificia Universidad Javeriana. |
| 15 | Real y Pontificia Universidad de San Gregorio Magno | 1622 | 1767 | Quito | Ecuador | Se fusionó con las otras universidades ecuatorianas, formando en 1786 la Real Universidad Pública Santo Tomás de Quito. |
| 16 | Real y Pontificia Universidad de San Francisco Xavier | 1624 | Sucre | Bolivia | Actual Universidad Mayor, Real y Pontificia de San Francisco Xavier de Chuquisaca. | |
| 17 | Real Universidad de San Carlos Borromeo | 1676 | Guatemala | Actual Universidad de San Carlos de Guatemala. | ||
| 18 | Universidad de San Cristóbal | 1677 | Huamanga | Perú | Fue extinguida durante la segunda mitad del siglo XIX. Reabierta en 1957 como Universidad Nacional de San Cristóbal de Huamanga. |
|
| 19 | Real y Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino | 1681 | 1786 | Quito | Ecuador | Se fusionó con las otras universidades ecuatorianas, formando en 1786 la Real Universidad Pública Santo Tomás de Quito. |
| 20 | Real Universidad de San Antonio Abad | 1692 | Cuzco | Perú | Actual Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cuzco. | |
| 21 | Universidad de San Jerónimo | 1721 | La Habana | Cuba | Actual Universidad de La Habana. | |
| 22 | Real Universidad de Santa Rosa | 1721 | Caracas | Venezuela | Actual Universidad Central de Venezuela. | |
| 23 | Universidad Pencopolitana | 1724 | 1767 | Concepción | Chile | |
| 24 | Real Universidad de San Felipe | 1738 | 1839 | Santiago de Chile | Chile | Actual Universidad de Chile |
| 25 | Real Universidad Pública Santo Tomás de Quito | 1786 | Quito | Ecuador | Creada de la fusión de las tres universidades ecuatorianas. En 1826 renombrada como Universidad Central de Quito. | |
| 26 | Real y Pontificia Universidad de Guadalajara | 1792 | Guadalajara | México | 1792 Se funda la Universidad. Clausurada y abierta varias veces (1826-1932). 1824 se renombra solo como Universidad de Guadalajara. 1937 se restaura por última vez por el Congreso del Estado. |
